SMA UA harus mendapatkan kembali kepercayaan publik setelah serangan penjahat mendadak selama sesi pelatihan kelas 1-A. Meskipun beberapa guru terluka parah dalam serangan itu, Izuku "Deku" Midoriya dan teman-teman sekelasnya harus terus belajar dan berlatih, serta memanfaatkan keunikan mereka dalam berbagai lingkungan dan keadaan.
Boku no Hero Academia: Sukue! Kyujo Kunren! mengikuti kelas 1-A saat mereka berusaha menyelesaikan pelatihan mereka. Namun, ada sosok bertopeng berkeliaran di sekitar pusat pelatihan. Apakah penjahat yang bertanggung jawab atas kejadian sebelumnya telah kembali untuk menyelesaikan pekerjaannya? Jika ya, apakah siswa siap melawan?
[Ditulis oleh MAL Penulisan Ulang]