Setelah perang antarplanet pada awal abad ke-21, planet Bumi hancur dan sebagian besar ekosistemnya hancur total. Karena tidak mungkin lagi menjalani kehidupan normal di planet ini, para penghuninya terpaksa pindah ke planet lain yang semoga kehidupannya lebih nyaman.
Organisasi Perdagangan Deep Galactic, sebuah pemerintahan totaliter yang mempengaruhi banyak planet yang baru dihuni, entah bagaimana sampai pada kesimpulan bahwa musik adalah sumber kejahatan, dan musik harus dilarang dan dihancurkan demi kebaikan. Grup bakat AKB0048 segera dibentuk, berdasarkan anggota asli AKB48 yang pernah hidup di Bumi. Meskipun musik mereka sekarang dianggap ilegal secara universal, misi mereka adalah menghidupkan kembali musik mereka dengan melakukan perjalanan dari satu planet ke planet lain dan mengadakan konser sebanyak mungkin. Mereka harus menjalani serangkaian metode pelatihan baru untuk menjadi yang terbaik, sekaligus menghindari bahaya ditangkap karena musik mereka. Bergabunglah dengan bintang pop antarplanet AKB0048 saat mereka mencoba menyelamatkan dunia－dengan musik!
